明末的瘟疫接連不斷，很多人都清楚所謂的疙瘩瘟是何物，這是一種可怕的瘟疫，在大明多處地方盛行。
崇禎十三年時，順德府、河間府和大名府均有這種大疫，并且是烈性傳染病的流行，瘟疫傳染，人死十之八九。
崇禎十四年時，疫情進一步發展，在大名府盛行，人死十之五六，歲大兇，死亡人口的比率相當高，朝發夕死，至一夜之內，百姓驚逃，為之空城。
自去歲七月起，這種疫疾隨李自成的軍隊到處傳染，稱為“疙瘩病”，時人記載：“夏秋大疫，人偶生一贅肉隆起，數刻立死，謂之疙瘩瘟，都人患此者十四五，至春間又有嘔血者，或一家數人并死。”
聽聞疙瘩病的情況，朱慈烺思索良久，忽然靈光一閃，驚呼出聲：“鼠疫！”
這“疙瘩”應該便是對腺鼠疫患者的淋巴結腫大的稱呼，患者的身體肢節間會突生一個“小瘰”，接著“飲食不進，目眩作熱”，還會嘔吐出“如西瓜敗肉”的東西。
只要一人被感染，全家都會被傳染，甚至有的“闔門皆歿”，不分貴賤長幼，全家死絕。
鼠疫最可怕的地方是，死亡在一瞬間發生，根本來不及診斷和治療！
后世談之色變的艾滋病、非典型肺炎、武漢肺炎冠狀病毒均屬于乙類，而明末的鼠疫屬于甲類急性傳染病，幾乎沒有什么潛伏期，致死率非常的高，呼病即亡，一地動輒死亡萬人。
朱慈烺清楚，歷史上明朝后期鼠疫橫行，比較嚴重的有萬歷八年、萬歷十四年、還有明末的幾年，造成十室九空，慘不忍睹，甚至京師的九門“日出萬棺”。
《崇禎實錄》記載：“京師大疫，死亡日以萬計。”
盡管缺乏準確的統計數據，但從史料記載說明，當時的大瘟疫，勢態極其嚴重，北京城死亡率大約為40，甚至更多！
到了死亡枕藉，十室九空，甚至戶丁盡絕，無人收殮的地步。
得知是鼠疫，朱慈烺哪里還敢往上湊，急急帶上隨行太醫準備的口罩等物離開了軍營。
回到中都禁垣，朱慈烺立即召集鳳陽城中所有將官議事，啟動緊急預案。
朱慈烺先是詢問了解了一番前線將士的情況，高熱嘔吐之人是否多？楊御蕃不敢隱瞞，一一回答。
好在安武軍中的醫療兵意識到了瘟疫有著極強的傳染性，早在軍中對感上瘟疫的士兵進行了隔離。
這種預防瘟疫的措施是中國古代行軍中常見的方式，事實證明也很有效，否則一支軍隊只要有一人感染鼠疫，就會自動全軍覆沒了。
朱慈烺當即下令，前線的安武軍全面篩查，對感染鼠疫的士兵進行強制隔離。
他依舊不放心，又從天雄軍調了五千人馬作為防疫兵，開赴前線防疫，敢有不聽安排違抗命令者，一律格殺勿論！
鳳陽府境內的所有《皇明時報》分社全力印刷宣傳防御鼠疫之事，同時還登載了吳又可所寫的《瘟疫論》。
崇禎十年時，鳳陽府設立的環衛部門立時投入了運作，對鳳陽府進行了全面的大掃除，大規模消滅老鼠，焚燒深埋。
鳳陽府是朱慈烺最早的底盤，無論建設還是組織力度，都是非常不錯的，如今皇太子親臨鳳陽，又親自發出告知，日子漸漸變好的百姓們自然積極響應。
一時間，整個鳳陽府各大街小巷全部行動了起來，一個個帶著口罩的軍人或是百姓，清理垃圾并沿街撒著石灰。
二月底，江南各省開始上報，言當地出現了鼠疫患者，朱慈烺急急返回南京，主持大局。
途中，他命人以八百里加急傳召各地巡撫，還有吳又可等名醫入京，商議防疫諸事。
一回到南京，朱慈烺便召開了朝會，當庭成立環衛部，破格任命吳又可為尚書，主管防疫。
朝會上，經過眾人商議后，朱慈烺下達了一系列政令：
一、設立隔離區域，控制瘟疫傳播。
朱慈烺下令封鎖長江，禁止北方人員南下，同時對靠近長江的各府州縣進行封城、封路，各關隘路口以軍隊防守。
朱慈烺治下的江南數省之地，早已恢復加強了里甲制，在層層的監控下，可以輕易發現患病之人，然后強制措施進行隔離。
明朝不如后世，人口流動有限，一地死絕都擴散不廣，鼠疫是從北方傳過來的，只要執行得力，做好防護，江南數省應該不會成為重災區。
然而北方數省，里甲制早已崩壞，多是鄉紳自治的局面，若想隱瞞太容易了，這讓朱慈烺頗為頭疼。
二、全面滅鼠，加強各地衛生管理，不可隨便放置垃圾，但凡棄灰于道者，便被處以罰款或杖刑，衣冠不整面容不潔者同樣有處罰！
三、消毒處理，預防瘟疫擴散傳播，在各地使用醋或者石灰進行處理，凡入城者，其乘車和馬具均需經過火燎煙熏以消毒防疫。
四、針對患者運用草藥、針灸等手段積極診療。
根據吳又可的研究發現：一般鼠疫潛伏期大概是二到八天，起病急驟，有明顯的畏寒、發燒，還有其他毒血癥的癥狀，只要措施得當也能有效控制疫情。
但如果是敗血性鼠疫來說，潛伏期的時間更短，一般幾個小時就可能病發！
在一系列的操作下，防疫治瘟諸事進行順利。
然而疫情仍然來勢兇猛，遠比想象的要厲害，一月時間，各地呈報上來的死亡人數觸目驚心。
臨近長江的安慶府和廬州府相繼被鼠疫攻陷，廬州府每天死亡人數高達三百多人，民有絕戶，繁華大街如同靜夜，無人行走。
不止南直隸，浙江、山東、北直隸，感者尤多，或至闔門傳染，且傳播速度非常迅速！
經過錦衣衛的暗訪調查，加上當地衙門反饋的情況來看，導致疫情泛濫的原因最主要的是隔離困難。
軍隊中尚且好控制，然而尋常地方的生活中，隔離工作非常困難！
即便是不識字的百姓，也講究孝道、禮尚往來諸理，家中有長輩患病，作為晚輩自然要早晚守在榻前，日日請安照顧、湯藥服侍，在沒有醫用外科和N95口罩的年代，這樣必然被傳染了。
同樣的，晚輩患病，父母長輩更是伴在左右，不敢離開須臾。
還有親朋好友之間結婚，或是辦理喪事，這種大型聚會的場所，傳染更盛，往往全家死絕，甚至全族數百人全都感染殞命！