萬歷十六年四月中旬，帝駐蹕孔府。期間經筵所論被隨行記者記錄，通過報紙自山東向全國擴散。
六月初三，皇帝大駕至淮安祭拜祖陵、視察水利并研究遷移祖陵方案。此時帝國上層士人無不知“今圣”之說，而皇帝欲遷祖陵以保江淮民生的事跡也廣為人知。
淮安府九縣二州民眾聽說皇帝欲遷祖陵以保生民，無不感恩涕下。家有余財者，欲興土木為皇帝建生祠。錦衣衛以“皇帝人神之主，建生祠未知禮法如何”報聞。
皇帝在行在覽奏，急召江淮巡撫制止，避免民眾為此靡費。民間聞之，鼓吹朝廷允建聲浪洶涌，行在通政司每日收到民眾上奏請建生祠的奏章百余封。各地報紙無不鼓吹朝廷傾聽民意，解決民眾對皇帝的敬仰需求。
閣臣申時行建議將皇帝畫像雕版印刷，供士民于家中供奉，以紓民心民意，皇帝嘉納之。于是，從萬歷十六年起，皇帝畫像逐漸遍及天下。與財神爺、灶王爺、門神相比，皇帝畫像受到的待遇要好些，一般都在民家正堂。
隨著圣駕向南方移動，皇帝聲威日隆，江南民間無不以接駕為榮。凡行在所在，帝輦途徑之地，民眾往往自發圍繞，欲一睹圣顏。梁夢龍等為了安保諸般事項，苦惱的頭都大了。
凡皇帝駐蹕之州府，其地民眾的脖子恨不能仰到后背，而未能獲得接駕之地方，官員則被士民指責——施政必是有不合皇帝意的地方，否則皇帝怎么不經過我們府縣呢。
至于士人對“今圣”之說的看法，則爆發了較大的爭議。贊同者說，皇帝不僅以“三論”總結并發揮了中國先哲的思想，并大興格物之說解釋萬物——這本就是圣哲才能具備的能力。例如，格物學用三棱鏡解釋了光的組成，醫學用顯微鏡解釋了細菌致病的機理，都是今圣暢導格物之功。
反對者則說，皇帝三論之說，并未脫離先圣窠臼，所謂論實踐，用孔子“學而時習之”就可以高度概括，不過是“知行相資以為用”；所謂論矛盾，無非是“新舊相除”的發展；只有大學擺證明的“論運動”，讓時人的對“絕對運動”這一哲學命題有耳目一新之感——但比肩孔圣？還是等將皇帝蓋棺論定之后再說吧。
在各地報紙上討論這些的文章，一時間把讀者們搞得頭大。所謂“君子之德風，小人之德草，草上之風，必偃。”雖然皇帝暢導有教無類，但對于能在報紙上發表文章的“君子們”而言——我們在討論哲學，你們閉嘴等著就行了。
但是申時行行動起來了，在圣駕即將抵達南京的時候，朝廷發出公文，要求各地所有學校和講學之所必須懸掛皇帝像，并將皇帝的學說納入必修課程。皇帝在日理萬機的閑暇，也與申時行討論一些歷史唯物主義、辯證唯物主義，以及宇宙觀、進化論等內容。
盡管只鱗片爪，但申時行領導著翰林院呢，自有大儒為皇帝辯經。他們將古往今來能與皇帝思想對應的古文翻找出來，表明皇帝思想源流上古并振隳發揚，言辭質樸而博大精深。因事關重大，朱翊鈞很大一部分精力要放在這方面，稱得上殫精竭慮。
另一方面，皇帝也下批示給皇家科學院，組建地理、考古和生物考察隊等，滿世界尋找能夠論證皇帝理論的實物證據。但有發現，朝廷的宣傳機器就會動員起來，反復證明其理論的合理性。
一時間，申時行圣眷日隆，紅得發紫。梁夢龍心下著慌，帶著政改專班日夜研究新的政改方案，尋到機會就與皇帝討論。見申、梁二人如此，許國就把行在奏章批答的事情多干些，在圣眷上也不輸二人多少。
萬歷十六年七月，潘晟因病致仕，賜二等伯爵，皇帝書贈“休休有容”，并許馳驛，政事堂再次缺人。朱翊鈞經過深思熟慮，并與梁夢龍商量，將王錫爵薦推入政事堂。
此時皇帝鹵簿大駕正在蘇州。王錫爵入閣后，又以伴駕之功被皇帝給假半月，用以夸耀鄉里。
蘇州作為天下首郡，有明以來，大概上繳了朝廷全部錢糧、稅款的十分之一。皇帝讓王錫爵入閣并給假，令這個早就不堪重負的經濟重鎮士氣大振。
雖然王錫爵全力以赴的低調，但整個蘇州城仍轟動了。王錫爵家中喜氣洋洋不提，這個蘇州城都因為皇帝的善意而張燈結彩。
朱翊鈞在蘇州游玩了兩天，在接見知府時，又賜字“浩浩姑蘇”，以表彰蘇州府在大明立國之后的功績。
同時，皇帝大筆一揮，將歷年積欠一概減免，從根源上消除了官府利用積欠欺壓蘇州地主的可能——反正這些積欠已經欠了一百多年，早就收不上來了。
八月桂花飄香的時節。南京占地超過一千五百畝的魏巍皇城再次迎來了帝國的主人。
自武宗南巡以后，朱翊鈞是再次到達南京的皇帝。江南一代耄耋老人依稀還記得，武宗南巡帶來根植于他們童年的恐懼。
從武宗當年隨心所欲的擾民、勒索過程中，江南人大概形成了一種模糊概念，也許皇帝這東西本身是邪惡和荒誕的。它不是人民的慈父，相反——這東西反倒是惡賊，也許沒有它更好咯。
如今這些概念被重新定義了。皇帝此次南巡，除了偶爾的封鎖道路，沒有任何滋擾地方之舉。相反，每到一地，皇帝時常減免當地的錢糧，并派出大量官員宣講祂的德政。
所以，當煌煌宮城的大門再次打開，皇帝鑾駕在禮樂聲中進入期間時，圍觀的人眼中有些竟然充滿了淚水，高呼萬歲之聲不絕于耳。
在申時行的奏請下，皇帝在洪武門城樓上接受了南京市民的朝拜，南京民眾于是見識到了十二旒冕，十二章繡于裳的最新神像。
皇帝在城樓上呆了半刻，抬起手臂從左至右擺了幾次手臂，就把人群激動的仿佛要爆炸，呼喊萬歲之聲直沖天際。
待走下城樓時，朱翊鈞壓抑著翻滾的情緒，對陪侍的梁夢龍等臣道：“中國的百姓是最容易滿足的，如果朝廷連分內的些微事情都做不好，就應該先存了愧對他們的心思。如果因為他們容易滿足而苛待之，就該都驅逐了換些人來干。”
陪駕諸臣都悚然答應了。
朱翊鈞又對著太子鄭重的說到：“盡管你剛才也站在城樓上，好像在他們的高處，但心里要知道百姓最貴重。皇帝要是不知道‘民為貴、社稷次之、君為輕’的道理，那就會把整個國家都帶入衰亡的境地。”
太子適才見到了萬眾山呼的場面，也帶著激動的心情回答：“兒臣牢牢的記住了。”