也就是說，在遭遇異形后，帝的軍官們只把這當作一次小型危機處理。他們意識到了部分的危險，派出了大量風暴步兵去搜索全船，殺死所有他們能夠找到的異形個體。為了做到這點，他們還封鎖了所有次要房間，將船上的幾個所有非戰斗人員都鎖在了自己目前所在的艙室里。
這是標準的疾病防控和應對未知危險生物的應急方案，旨在最大程度的避免新的感染者出現，用專業的戰斗人員消滅所有潛在的感染源，達到保護全艦的目的。
但是這些帝的指揮官并不知道，眼前的混亂場面只是問題的表象。趁著這陣混亂的機會，躲在底層艙室的士官長他們卻神不知鬼不覺的攻到了劍橋和通訊部門所在的艙室。
科塔娜也如同上次一樣，在一隊探險隊隊員的幫助下滲透到了維生系統的控制室，取得了船上部分關鍵系統的控制權，并開始準備投放催眠毒氣。隨后就像是之前攻擊第一艘殲星艦時一樣，他們協調著進度，同時開始了打擊。
突如其來的打擊將把敵人們嚇了一跳，尤其是艦橋里的軍官們。還沒等他們來得及反應過來，全船就籠罩在了催眠毒氣和大量機器人的攻擊之下。和之前一樣，多數船員第一時間被毒氣放倒。
但是和上一次奪船不一樣，這次帝的戰斗人員抵抗的時間非常長。盡管投入了大量的機器人分割包圍位于不同區域的帝戰士，但是由于敵人活力非常猛烈，最終，探險隊還是花了接近4個小時的時間才肅清全船的抵抗。
在這期間，近萬臺武裝機器人被摧毀，數百臺泰坦機甲被不同程度的損壞。參與戰斗的這個大隊的探險隊隊員里也有十幾人不同程度的受傷。
他們好不容易奪取的殲星艦里有多道線路和管道損壞。多個區域的艙室完全變形。而且在戰后統計戰果時，一個意外的發現引起了他們的注意，有幾只本應守在7號反應堆附近的異形不見了蹤影！
而他們之所以能這么快發現是因為這次行動中的所有異形個體都是后方的科研組在培養槽里制造出來的二代基因標記型的異形。它們在還是胚胎的時候被注入了一組用于定位的外源基因。
擁有這組基因不會改變異形的外在特征和習性。只會讓它們在行動時留下少量可追蹤的化學信息素。科研人員最初是用這種方法研究異形的運動習性，追蹤并試圖馴化他們。并曾一度取得一些成果。
在這次行動的現場，這些遺留的信息素則被作為一種追蹤手段，確保異形們不會跑的找不到影子。所有探險隊隊員的護甲上都有內置設備能夠追蹤這種獨特的信息素。
在檢查戰場的時候，一個火力小組發現其中幾只異形遺留的信息素足記出現異常，等他們追過去時發現一個隱蔽的副空港里少了一架穿梭機。在得知這一消息后，士官長立即開始調查這個問題。經過初步的分析，他們基本確定了事情的經過。
原來這艘帝級殲星艦在一個月前經過一次規模不大的改造，新建了一個用于要員轉移的隱蔽小空港。平日里里面停著一架“蘭姆達”級穿梭機。
由于是新進的改造項目，所以這項工程沒有被記錄在艦載的數據庫中。這個隱蔽的小空港也沒有任何監控系統，所以之前入侵系統的科塔娜也沒有發現這里。
之前探險隊和船上的帝交火強度和持續時間都超出預計，沒有余力關注這種地帶，這讓其中幾只本應該吸引帝注意的異形抓住了空子。
它們一開始是運氣好發現的這個小空港，作為一種有著極高智慧的獵食者，那幾只異形不僅和其他同類一樣能聽懂人言，更是在被試驗期間學到了一些欺瞞人類的方法。
異形的生長速度遠遠高于人類，雖然從探險隊捕獲第一批異形并開始研究還不到兩年，但是在這期間出生的異形已經有十幾代之多。異形們的智慧在人類的影響下進化極快。
它們很到就學會了人類研究者的語言并意識到捕獲自己的這批人類和以前的人類都不一樣。它們以前遇到的人類雖然看起來差不多。但是組織度遠遠低于現在這批。
經過一整代的學習，異形們知道了控制它們種族命運的這群人類隸屬于一個叫做時空議會的組織，并很快意識到無論它們如何努力都無法通過蠻力逃脫這個組織建設的牢籠。
隨后的幾代異形都在試圖找到自己所在的科研空間站的安全漏洞并逃脫。但是全部失敗。在那之后，新生代的異形們改變了策略，為了生存，它們開始迎合那些只通過全息影像出現在自己面前的人類。
經過幾代異形的努力配合，終于有部分科學家認為他們已經找到了馴化異形的方法并做了很多激進的生物實驗。異形們為了獲取以后的自由和進化都非常配合這些實驗。
最近幾代的母皇甚至開始直接聽取人類的命令，以換取信任。終于，它們的耐心配合得到了回報，人類終于還是對它們放松了警惕，它們迎來了這次難得的脫身機會。
在發現這個隱蔽的空港前。異形母皇還沒有任何逃脫的打算。作為能夠遺傳記憶的種族，它還很清楚的記得幾代以前那些嘗試的后果。所有試圖逃跑的異形都被連同籠子或所在艙室扔進了太陽燒成了飛灰！
這一帶母皇至今還清楚地記得那一代母皇通過心電感應感應到那些異形后代被太陽的炙炎燒焦前的哀鳴。，如果沒有一定的把握。她是不會再嘗試逃脫的。
聽從著人類的命令雖然讓它和其他異形都感到惡心，但是這樣做至少還能不愁吃喝的活下去。但是，通過心靈感應從那幾只異形后代那里看到那架無人問津，無人看守的穿梭機時。她很快意識到這是她一直在等待的絕無僅有的機會。有著高級智慧的它自然不愿意受到探險隊的繼續奴役，在看到機會后，異形母皇十分精明的策劃了一出出逃的計劃。
她知道被嚴密看管的自己是無論如何也不可能逃脫的。不管是之前的科研人員還是現在他身邊的這些武裝人類都是會全力監控每代母皇的一舉一動。作為母皇的她想要逃掉無疑是異想天開。
但是異形作為一個種群從沒有把個體的價值放在首位過。作為母皇的她自己也許跑不掉，但是這并不意味著它們的種族就沒有脫離時空議會控制的可能性。
雖然智慧進化到現在的母皇也不太明白時空議會到底代表著什么。但是她和任何異形一樣，本能的排斥任何外族控制。在她自己逃不掉的情況下，她決定吧機會留給那幾只發現出路的異形。它們是最有機會將異形的種族延續下去的個體。
在作出決定后，異形母皇讓那幾只發現隱蔽空港的異形引來了一隊風暴突擊隊，卻沒有與之戰斗，反而是留下一只最強壯的異形個體藏在那架穿梭機的貨艙中，期待那些帝的士兵能開著穿梭機逃走。
那隊被引來的風暴突擊隊果然做到了這點，再聯系友軍部隊無果的情況下匆忙開著那架本來是用于要員撤離的穿梭機逃出了殲星艦。當時的科塔娜還沒有轉移到艦橋。無法獲得系統的全部控制權，所以沒有通過艦載的探測系統發現有這么一艘穿梭機離開。
如今，戰斗已經結束，那架穿梭機也已經離開超過半個小時了。如果使用了超光速引擎，現在那架穿梭機很可能已經出現在數百光年外的地方，想要攔截已經晚了 事實也確實如此，那一隊自以為逃脫陷阱的風暴突擊隊隊員確實已經出現在了數百光年外的地帶，他們試圖開著這架穿梭機找到最近的帝基地停靠，但是在一個偏僻的礦業星球中轉時，那只搭船的異形悄悄地離開了貨艙。四處尋找起獵物。
它必須立即尋找到獵物，因為延續種族需要它快速蛻變成新的母皇。作為一種群體性獵食動物，異形通常只能在舊的母皇死掉后才能產生新的母皇。
但是為了適應被飼養和關押的新環境。早在幾代之前，異形就對自己的生殖系統進行了局部退化。還原出了一種它們種族過去曾用過的繁衍方式。
現在異形族群可以在同一個時期擁有多個母皇，即便是成年的異形獵手也能在受到母皇的命令刺激后開始“蛻變”，逐漸轉出成新的異形母皇，快速擴散族群。
但是想要轉化成新的母皇的它需要大量的能量支持身體的成長，異形還遠沒有進化出利用電能或者其他能量的生存方式，所以能量只能從食物中來。
在逃出后，這只強壯的異形獵手很快找到相對的人口密集區，并開始了自己的“進化”之旅。它目前所在的星球和多數其他被帝國統治的星球一樣。是個多智慧種族混居的星球。毫無疑問，一旦成功蛻化成母皇。它將產出一批全新的，更強的異形后代！(