魔法鏖戰 吳能等人這一次降生的地點在魔法世界。他們面臨的是阿帕奇、艾布拉姆斯和斯基泰三所魔法學院的爭斗，他們必須和其他小隊合作，選擇任意一所魔法學院加入，并獲得魔法世界中的四件至寶。
這一次和他們一同執行任務的，赫然就是柳依的追求者——周羽所在的刀鋒小隊。周羽知道柳依也是無限游戲的玩家之后喜出望外，兩支小隊之間發生了激烈的沖突，完全無法合作，最后分道揚鑣。
刀鋒小隊搶先前往了實力最強的阿帕奇魔法學院，而吳能等人思忖再三之后，決定加入實力最弱的斯基泰魔法學院。在他們加入魔法學院的當天，一群黑巫師突然發動襲擊，目標是搶奪斯基泰魔法學院世傳的至寶“權杖”，但被吳能等人阻止。
加入了斯基泰魔法學院的吳能等人發現，斯基泰魔法學院的處境十分尷尬。作為三所魔法學院之一的斯基泰魔法學院，被想要學習魔法的人們視為“最糟糕的選擇”，不僅教學設備十分古舊，而且師資力量很弱，連帶著招收到的學生也毫無魔法天賦。而不久之后，決定第四件至寶“圣杯”的三校比武就要展開。
但吳能等人早有準備，他們將在上個任務中得到的劍法交給楚千嵐的化身——楚千千，讓千千對這些劍法進行修訂整理之后，匯總成一套簡單易學的劍術教授給魔法學院的學生們，再配合少部分便于學習的魔法，訓練出了一支“魔法劍士”。
之后，在三校比武之中，斯基泰學院的學生以出色的近戰能力一路擊敗了其他兩所學院，奪取了勝利。但在頒獎儀式上，艾布拉姆學院和黑巫師們合作發動突襲，奪走了本應被斯基泰學院獲取的“圣杯”。吳能等人發現，艾布拉姆學院中也隱藏著楚千嵐的另一個化身，正是她在這個世界中布局，想要奪取四件至寶。
面對楚千嵐的化身，楚千千矛盾不已。楚千嵐的化身告訴千千，楚千嵐的本體此刻極度虛弱，化身們此刻正在各個世界中攫取力量，目的是讓本體重獲新生。但本體的恢復，意味著化身們將要消失。楚千千思考再三，做出了艱難的選擇：她不想被本體吸收，想要作為一個獨立的個體過自己的生活。
吳能和刀鋒小隊合作，帶領著兩所魔法學院的精銳展開反攻，并最終戰勝了楚千嵐的化身，奪回了至寶。但就在此時，刀鋒小隊和阿帕奇學院背叛了吳能等人，意圖將四件至寶收入囊中。緊要關頭，柳依的“化境”進化，吳能等人成功戰勝了刀鋒小隊。就在此時，主神的代理人再次降臨，要求吳能等人交出至寶，但被吳能以毀滅至寶要挾代理人，讓他與主神見面。
任務結束，吳能終于見到了主神。主神自稱為“拯救者”，希望吳能成為它的代理人，但吳能并未答應。
超英異聞 吳能等人進入的下一個世界，是超級英雄世界，這里有各種超級英雄和反派，每天都在進行著激烈的斗爭，而吳能等人的目標是讓超級英雄和反派們停戰。
為了達成這一目標，吳能等人開始一門心思地“勸說”反派們停戰，他們用各種暴力方式逼迫反派們改弦更張，老實工作，最后給他們制作了一款VR游戲，讓他們在游戲里發泄破壞欲望。
最終，反派們全部“改邪歸正”，吳能等人獲得了勝利，并在游戲中獲得了一大批超級英雄們的贈禮。
末日災劫 超級英雄世界結束，主神終于亮出了大殺器，這就是末日降臨的科幻世界。次元之壁破裂，來自另一個時空的生物企圖抹殺掉科幻世界的存在。吳能等人這次的任務是拯救這個世界的人類。
與他們一同參加任務的，還有其他的七支小隊，其中不僅包含了曾經合作過的閻羅小隊，曾經為敵的刀鋒小隊，還有在“惡魔討伐”的世界中被“吳能基金會”幫助過、視吳能等人為榜樣的16號無限小隊。
為了獲得任務的勝利，玩家們用盡手段，但在鋪天蓋地的異次元生物面前，他們所做的一切都成了無用功。最終，科幻世界被毀滅。在最后關頭，胡正信發動了以自我犧牲為代價的化境“最終堡壘”，為吳能奪得了一線生機。而吳能留給瑪麗的魂銀，帶著他的一縷靈魂在“古堡魅影”的世界中重生。
融合世界 從“古堡魅影”的世界中重生之后，吳能發現主神將各個游戲世界與現實相相互連接。在瑪麗的幫助下，吳能回歸了現實世界。
游戲世界與現實世界的連通，導致每個世界都發生了巨變。主神的代理人們開始侵入現實世界，意圖將現實世界置于主神的掌握之下。而那些無限小隊的玩家們，則大都被主神招攬，成為了主神的代理人。
為了擊敗主神的代理人們，吳能穿越各個世界中，依次找到他的老朋友們，組建成了一只名為“反叛者”的聯軍，來反抗主神。戰火在整個世界上燃燒，吳能和組織一步一步接近著自己的目標，將主神的軍隊驅逐出現實世界。
最后，他們終于來到了主神空間之前，但他們卻始終無法進入主神空間。關鍵時刻，吳能的養父劉國慶突然出現，原來他曾經是主神的合作者，傳說中的1號代理人，但雙方后來發生分歧。心灰意冷的劉國慶回歸現實世界，想要阻止主神的計劃，而王鈺的父親，則是他在現實世界中找到的幫手。他們原本想要培養王鈺成為無限游戲的玩家，協助他們打敗主神，但在科幻世界毀滅之時，王鈺認為吳能是比自己更合格的玩家，所以將幸存的機會留給了吳能。
在劉國慶的自我犧牲之下，吳能得以打破主神空間的入口，進入其中，開始了自己最后的任務。
終極行動 吳能開始了最后一次行動。他進入主神空間之中，想要擊敗主神，救出自己的伙伴們。
在路途中，他遭遇了楚千嵐的本體，亦敵亦友的兩人最終決定合作。在楚千嵐的幫助下，吳能終于走到了主神的面前。
見到真正的主神，吳能才終于了解到主神的真正身份：在未來的某個時間點，人類世界被異次元的敵人攻陷，人類將最后的希望交給了他們創造的終極機器人“拯救者號”身上，而這個機器人就是主神的真身。
“拯救者號”回到過去，利用未來科技創造了數個名為“游戲世界”的平行時空，目的是攫取這些游戲世界的力量，希望能最終阻止現實世界的毀滅。而之前“末日災劫”世界中所發生的，就是主神曾經真實經歷過的末日場景。
主神還創造了多個人造人，而周娜娜就是這些人造人中的一個。它早已察覺到了劉國慶的計劃，所以安排周娜娜與王鈺相識，使用這個人造人監督王鈺等人的行動。但令它和劉國慶都未能想到的是，最后決定了這個世界命運的玩家，不是王鈺，而是原本不在他們計劃中的吳能。
主神希望吳能和它合作，但吳能知道，如果自己和主神合作，那些游戲世界就要迎來末日。主神反問吳能，既然他將這一切都視為一場游戲，為什么還要在意這些游戲世界的存亡。而吳能則告訴主神，他最初將一切都視為游戲，將游戲世界中的生命都視為NPC，但現在他發現，自己已經和這些NPC們產生了情感，沒辦法舍棄這些生命。
雙方開始了最后的戰斗。吳能最終擊敗了主神。主神瀕臨死亡，臨死前它念念不忘著人類世界的命運。但吳能告訴主神，他已經想到了如何拯救人類世界。
吳能將自己的意志與主神融合為一體，舍棄了人類的身份，成為了現實世界和游戲世界共同的管理者。
在他的管理之下，各個世界之間展開了交流和融合。他復活了自己的隊友們，并讓隊友們和代理人們一起，協助他管理這些世界，并開始一步步引導不同的世界之間展開交流。吳能相信，在遙遠的未來，這些本不屬于同一個世界的生物們，終究可以融合成為新的人類，而新的人類將會改變原本的毀滅命運。