城都聯盟 118.若葉鎮，吹起開始之風的城鎮！
119.投手的菊草葉 120.赫拉克羅斯對抗大甲（小智收服赫拉克羅斯）
121.頓甲之谷122.咕咕跟迷惑森林123.美麗花的戰斗之舞124.線球大搜索線125.布盧的華麗生活126.驚角鹿，幻影森林 127.好勝的菊草葉（小智收服菊草葉）
128.沼王和GS球129.芭瓢蟲之笛130.幸福蛋的快樂護士131.喇叭芽之塔大危機 132.桔梗道館，空中大戰（小智得到飛翼徽章）
133.愛哭鬼瑪力露134.暴走，尾立和波克比 135.再見了噴火龍，直到下一次重逢！（小智的噴火龍離隊）
136.向日花怪會場大恐慌137.菊草葉不高興了 138.毽子草飛跑了！大草原之戰！
139.神秘超級英雄，天蝎人登場140.咩利羊和牧場的少女141.巨鉗螳螂對抗赫拉克羅斯 142.收服火球鼠（小智收服火球鼠）
143.檜皮鎮的呆呆獸之井 144.榛果球與圓柑果實，后山之戰！（小剛收服榛果球）
145.檜皮道館，森林的戰斗場地（小智得到昆蟲徽章）
146.黑暗森林，尋找大蔥鴨 147.果然翁與神奇寶貝交換會（武藏的大舌頭交換到果然翁，小智的肯泰羅歸隊，赫拉克羅斯離隊）
148.杰尼龜隊燃燒斗志！像火一樣（小智的杰尼龜、肯泰羅離隊）
149.好多烏波150.胖丁對抗布盧151.黑暗神奇寶貝，戴魯比 152.小鋸鱷是誰的？小智對抗小霞（小智收服小鋸鱷，小霞的蚊香蝌蚪進化成蚊香蛙）
153.對抗盔甲鳥，鋼翼154.小鋸鱷，跳出愛的舞步 155.抓到漂亮的貓頭夜鷹（小智收服貓頭夜鷹）
156.圈圈熊嚇死人157.麒麟奇，超能力神奇寶貝之村158.占卜大混戰159.滿金道館，速度與力量 160.大.奶罐，復仇之戰（小智得到正式徽章）
161.收訊塔的戰斗，超越時空 162.捕蟲大會在自然公園收服他！
163.胡說樹在哪里？
164.古代神奇寶貝公園阿露福遺跡165.波波屋的傳信波波 166.超音蝠之館危險的迷宮（小剛的超音蝠進化大嘴蝠）
167.柯波朗對抗妙蛙種子格斗大對決168.叢林的三只溫泉戰斗169.金魚王，釣魚戰斗 170.再見了六尾，神奇寶貝選美大賽（小剛的六尾離隊）
171.壺壺對抗喇叭芽172.月精靈黑夜里的戰斗173.安飄蟲超越風之谷174.果然翁之村175.百變怪大師，與伊美蒂重逢176.喵喵跟布盧跟布盧皇177.阿利多斯，忍術戰斗 178.展翅吧，陽陽瑪，飛向明天的天空！
179.皮卡丘與皮丘180.毽子花，草系神奇寶貝的戰斗181.黑魯加跟波克比182.燒焦塔，小松登場 183.圓朱道館，鬼斯戰斗（小智得到魅影徽章）
184.伊布五姐妹，茶會大戰斗185.黑暗鴉，被奪走的徽章186.鐵炮魚的天空187.熊寶寶的秘密188.凍僵的向日種子之迷189.挖這里，小山豬，尋找溫泉190.急凍鳥VS胖丁，暴風雪之中191.風速狗與火之石192.土龍弟弟全都沒了193.果然翁遇難了 194.小剛暈倒？危險的露營事件！
195.大力鱷抵抗水箭龜相撲大戰斗（小智的貓頭夜鷹本集離隊后歸隊，卡比獸本集歸隊后離隊）
196.與神奇寶貝講話神奇寶貝的語言神奇寶貝的心情 197.大嘴蝠對假面女王武藏遺跡之戰（小剛的大嘴蝠進化成叉字蝠）
198.圖圖犬的遺跡旭日中的光輝199.尼多力諾和尼多娜，小剛的玫瑰生活 200.再見了菊草葉，電氣的迷宮（小智的菊草葉進化成月桂葉）
201.月桂葉到哪里去了？在藥草園抓住它！（月桂葉學會泰山壓頂）
202.天然雀的占卜預測未來的神秘203.神奇寶貝氣球大賽越過暴風雨204.迷唇娃迷死人超級巨星喜歡神奇寶貝 205.踏浪追蹤鐵甲暴龍！湖之戰！
206.變隱龍在哪里？看不見的神奇寶貝，大混亂207.討厭水系神奇寶貝的喬伊小姐，小霞的憤怒208.圣母大.奶罐，沙漠的秘密209.光輝燈塔！淺蔥市的戰斗 210.湛藍道館，正面決斗，格斗大對決（小智得到打擊徽章）
211.漩渦列島，新的挑戰！
212.波波與大波波，飛向未曾見過的天空！
213.向大海出發吧，燈籠魚大游行 214.太陽珊瑚好朋友！黃巖島的對決（小霞收服太陽珊瑚）
215.巨翅飛魚跟沉船，神秘神奇寶貝的秘密 216.章魚桶跟鐵炮魚！漩渦列島大賽預賽！
217.漩渦列島大賽，在水的運動場大戰斗！
218.小智對抗小霞，漩渦列島大賽最后的戰斗！
219.保護地鼠的村子，陷阱大作戰 220.銀色之翼的傳說，銀巖島的戰斗！
221.神秘的神奇寶貝！X！
222.被抓走的洛奇亞！
223.與洛奇亞的約定 224.飛吧咕咕號！以淺蔥市為目標！
225.淺蔥市VS大鋼蛇（小智得到鋼鐵徽章）
226.再見妙蛙種子！大木家后院大冒險！（小智的妙蛙種子離隊）
227.太陽精靈與櫻花！再次回到圓朱市！
228.水君與米那基！鳳王的傳說！
229.在神奇寶貝勁速賽中向前沖！（小智得到蛋）
230.名偵探君莎，蛋不見了，大解謎 231.蛋要孵化了（小智的蛋孵化成小小象）
232.火箭隊跟信使鳥233.霧中的九尾234.巴爾郎與空手道王信彥235.天然鳥的大預言236.渡與紅色暴鯉龍237.紅色暴鯉龍的憤怒238.長毛豬與冬天的柳伯 239.卡吉道館，冰之對戰（小智得到冰之徽章）
240.美麗花VS霸王花！草原的和平 241.熔巖蝸牛，用火熱的心來收服！
242.神奇寶貝魔法大變身243.閃電鳥跟水晶，湖的秘密244.雙胞胎的寶寶丁對抗胖丁245.呆呆獸之悟，小智之悟 246.真假大木博士，神奇寶貝川柳對決！
247.皮寶寶跟皮皮跟流星 248.蚊香蛙的進化（小霞的蚊香蛙進化成牛蛙君）
249.競技公園VS水箭龜、噴火龍、妙蛙花250.牛蛙君跟拉拉隊251.冰之洞窟252.小樁與迷你龍253.煙墨道館的龍之牙 254.快龍！逆鱗立起！（小智的噴火龍歸隊）
255.煙墨道館！最后的徽章（卡比獸歸隊，噴火龍離隊，小智得到升龍徽章）
256.道館徽章與小果然翁257.龍宮道館，水中之戰 258.乘龍之歌（小智與乘龍重逢，并被托付一顆蛋）
259.保護神秘蛋！在暴風雨中誕生新生命（蛋孵化成由基拉）
260.炎帝與溫泉的伙伴（小剛的榛果球進化成佛烈托斯）
261.河馬王，王者的信物！
262.奈奈與電擊怪（小次郎的大食花交換到口呆花，口呆花進化成大食花，大食花離隊）
263.加油吧！由基拉264.不可思議的未知圖騰 265.班吉拉與由基拉（由基拉離隊）
266.狃拉與圣火 267.白銀大會！與小茂再度重逢！
268.聯盟預賽！火巖鼠火焰戰斗！
269.大菊花VS妙蛙種子草系神奇寶貝的尊嚴 270.決勝淘汰賽全體戰斗6VS6
271.勁敵對決！水箭龜VS噴火龍！
272.遭遇火焰雞！與葉越的對決！
273.全力戰斗之后!!各人的道路!！（小智止步白銀大會8強）
274.再見和啟程（小剛，小霞離隊，小智的除皮卡丘以外的神奇寶貝都寄放在大木研究所）
275.和皮卡丘的分離